壓力差是生產區域與其周圍環境之間的大氣壓差。使用壓力表以帕斯卡為單位進行測量。
根據WHO 暖通空調系統指南，制造區域和周邊區域之間的壓差保持在 10-15 帕斯卡。 無菌區應始終比非無菌區加壓，氣流應始終從無菌區流向非無菌區。 該壓差由 HVAC 系統維持。在片劑生產區，壓差有助于防止交叉污染。 
造粒壓縮區產生粉塵顆粒；這些可能會污染在鄰近地區生產的其他產品。在無菌生產中，壓差可防止顆粒和微生物進入無菌生產室。
走廊比藥片生產區要保持正壓，以盡量減少交叉污染。但是在進入走廊之前應該有正向氣閘，同時保持正向走廊比制造室要好。 
這些氣閘可防止氣流從不受控制的區域直接流向受控區域，并有助于最大限度地減少受污染的空氣進入受控區域。 在無菌生產區，生產間比周圍走廊保持正壓，因為微生物污染的機會比交叉污染的機會多。
在HVAC 系統驗證時進行壓差和恢復測試非常重要。壓力表也應在 HVAC 驗證時進行校準。
相關：HVAC 系統驗證測試擁有良好的建筑結構和密封的門窗以保持所需的壓差非常重要。如今，壓降警報也用于指示關鍵區域的低壓。壓差可能導致開門困難，特別是在具有多級壓差的設施中。一些設施正在使用推拉門來防止這個問題，但很難使推拉門防漏。